南方医科大学深圳医院是深圳市医疗卫生“三名工程”的重大项目，由深圳市政府投资兴建的市属公立医院，以“管办分离”的模式委托南方医科大学管理。南方医科大学举全校之力共建南医大深圳医院，将“大南医”优势学科资源、专家资源延伸到深圳。
南方医科大学深圳医院即于2015年12月28日开业。为庆祝医院开业，南方医科大学及其直属附属医院的名医名家来到深圳，为市民提供义诊服务。义诊涵盖的临床科室包括：消化内科、肾内科、普通外科、妇产科、口腔科、神经外科、儿科等16个国家临床重点专科。