虽然抗感冒药大多数为非处方药（OTC药物），不需要凭借医生处方就可以直接到药店购买，换言之相对较为安全，但是药三分毒，药物必然会存在相应的不良反应。解热镇痛药的常见不良反应为对于胃肠道的刺激作用，可损伤胃黏膜，所以一般应该饭后服药。此外，部分药物在超过安全剂量后还可能会引起肝损伤，如对乙酰氨基酚大剂量时（国外定义＞4g/天，国内一般从严定义为＞2g/天），就可能会诱发不可逆的肝损伤。抗组胺药物的常见不良反应为中枢抑制，可引起嗜睡、疲乏等症状。收缩血管的伪麻黄碱与麻黄碱为易制毒品，具有加快心率、升高血压的不良反应。镇咳成分，如右美沙芬可引起口干、便秘等不良反应。

感冒时，有些人为了迅速克服症状，可能会同时服用不止一种的抗感冒药物。此时应当特别注意多种药物之间是否存在相同的成分，以免摄入过量而引起不良反应，尤其是当西药合用的时候。例如日夜百服宁与泰诺，都含有对乙酰氨基酚、伪麻黄碱、扑尔敏、右美沙芬，合用后遗患多多。此外，中成药为多种草药的复复方制剂，在成分上也存在着重复的可能，且有些“混血儿”也含有西药的成分，如强力感冒片、新复方大青叶片、感特灵胶囊中均含有对乙酰氨基酚。

如前所述，感冒一般是自限性疾病，痊愈与发病同样需要一定的时间。感冒时，服用西药对于缓解症状有好处，但不能忽视不良反应的存在，辩证地说：用对了是治病的良药，用错了则会成为致病的“毒药”；服用中成药可能没有立竿见影的效果，但同样有副作用的问题，所以提倡“慢病慢治、急病急治”是有道理的。

西药在成分上较为接近，若感觉效果不佳想换用其它药物应当特别注意成分上是否有重复之处。换用时，采用间隔给药的方法较为适宜，比如一种药物退烧效果不佳或者出现严重的不良反应，应该至少间隔6小时左右才能换用另外一种作用机制不同的药物。还有，草药、饮片与非甾体抗炎药是否存在着相互的作用和影响尚不明确，如无必要应当谨慎联用。